Farklı Konukçu Bitkilerden İzole Edilen Agrobacterium tumefaciens İzolatlarının Fenotipik ve Genotipik Karakterizasyonu
Küçük Resim Yok
Tarih
2021
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Bu çalışmada, 2008-2011 yılları boyunca 4 farklı ilde 10 farklı konukçu bitkiden tipik ur belirtisi gösteren enfekteli bitki örnekleri toplanmıştır. Toplanan enfekteli bitki dokularından toplam 174 bakteri izolatı elde edilmiştir. Elde edilen izolatların patojenisite testlemeleri havuç (Daucus carota L.) dilimi, kalonşe (Kalanchoe daigremontiana), domates (Solanum lycopersicum L.) ve ayçiçeği (Helianthus annus L.) fideleri üzerinde yapılmıştır. Patojenisite testleri sonucunda 414 re-izolat elde edilmiş olup, bu izolatlar arasından 138 re-izolat detaylı çalışmalarda kullanılmak üzere seçilmiştir. Seçilmiş olan tüm izolatlar klasik ve moleküler yöntemlerin sonuçlarına göre Agrobacterium tumefaciens olarak teşhis edilmiştir. Test edilen 138 izolat ve 6 referans izolatın tamamı kalonşe bitkisi ve havuç dilimi üzerinde tipik ur belirtilerine neden olurken, bu izolatlar arasından 67 izolat domates bitkisinde, 61 izolat ise ayçiçeği bitkisi üzerinde tipik ur belirtisi oluşturamamıştır. Bu tez kapsamında 3-ketolaktoz üretimi, % 2’lik NaCl’de büyüme, 35ºC’de gelişme, litmus milk’de reaksiyon, eritritol ve melezitozdan asit oluşturma, malonik asit, L-tartarik asit ve mucic asitten alkali oluşturma, demir amonyum sitrat kullanımı, sitrat kullanımı, PDA+CaCO3 besiyerinde asit temizleme, potasyum hidroksit testiyle gram reaksiyon ve oksidaz testi kullanılmıştır Yapılan morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal testlere göre, test edilen izolatlardan 3 tanesi dışında, izolatlar arasında önemli farklılık gözlenmemiştir. Bu izolardaki farklılıkta sözkonusu138 izolat arasından 48 izolat detaylı çalışmalar için seçilmiş, genetik profilleri REP PCR, ERIC PCR, BOX PCR ve RFLP teknikleri kullanılarak analiz edilmiştir. Bildiğimiz kadarıyla, şeftali, erik, kiraz, armut, trabzon hurması, meşe ve kalonşe bitkilerinden bu etmenin ülkemizdeki varlığı ilk kez bu çalışmayla ortaya konmuştur. Elde edilen sonuçlar farklı konukçulardan elde edilen Agrobacterium. tumefaciens izolatlarının benzerlik ve farklılıklarını ortaya koymuştur. Sonuç olarak, 5 ana grupta, 8 farklı küme ve 26 özgün profile sahip 34 genotip belirlenmiştir. İzolatlar ile konukçu bitki ve coğrafik bölge arasında ilişki kurulamamıştır.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Agrobacterium tumefaciens, RFLP, Spesifik PCR, Genetik profilleme, Patojenite testleri
Kaynak
Tekirdağ Ziraat Fakültesi Dergisi
WoS Q Değeri
Scopus Q Değeri
Cilt
18
Sayı
2
