Çeşitli hidrazon türevleri ile nükleik asitlerin bağlanma mekanizmalarının florimetrik yöntemle incelenmesi
Yükleniyor...
Dosyalar
Tarih
2016
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Namık Kemal Üniversitesi
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Floresans spektroskopisi günümüzde genetik incelemeler, klinik kimya, biyokimya ve moleküler biyofizikte en fazla kullanılan spektroskopik yöntemlerden bir tanesidir. Biyomoleküllerin ve biyomoleküler komplekslerin gerek yapısal gerekse dinamik özelliklerindeki değişikliklere olan hızlı duyarlılığı nedeni ile bu tekniğin popüleritesi hızla artmaktadır. Floresan problar floresans spektroskopisinde önemli bir alanı işgal eder. Bu çalışmada hidrazon türevi bir floresan probun çift sarmal DNA (ct-DNA) ile etkileşimleri floresans izleme ve UV-görünür bölge absoprsiyon spektroskopisi ile incelendi. Çalışmada hidrazon türevinin (AN1) sentezi ve ct-DNA ile bağlanma türü incelendi. Stern-Volmer sönüm sabitleri, bağlanma sabitleri, bağlanma kısım sayıları ve ?H, ?S ve ?G gibi ilgili termodinamik parametreler çeşitli sıcaklıklarda hesaplandı. Sonuçlar AN1-ct-DNA kompleksinin oluştuğunu ve AN1 kompleksi için elektrostatik etkileşimin baskın tür olduğunu gösterdi. Absorpsiyon, iyonik şiddet ve iyodür iyonu ile sönüm çalışmalarından elde edilen sonuçlar AN1'in ct-DNA ile bağlanma türünün oluğa tutunma olduğunu gösterdi.
Fluorescence spectroscopy is one of the most widely used spectroscopic techniques in the fields of gene expression, clinical chemistry, biochemistry and molecular biophysics today. The technique has become quite popular because of its acute sensitivity to changes in the structural and dynamic properties of biomolecules and biomolecular complexes. Fluorescent probes constitute an important field in fluorescence spectroscopy. In this thesis, interaction of the hidrazone derivative used as fluorescent probe with double stranded DNA (ct-DNA) was investigated using fluorescence sensing and UV-visible absorption spectra. In this study, we reported the syntheses and investigation of the modes of binding to ct-DNA of hydrazone derivative (coded as AN1). The Stern-Volmer quenching constant, binding constant, binding sites and the corresponding thermodynamic parameters ?H, ?S and ?G were calculated at different temperatures. The results indicated the formation of AN1-ct-DNA complex and electrostatic interactions are the predominant intermolecular forces for AN1 complex. The results of absorption, ionic strength and iodide ion quenching suggested that the interaction mode of AN1with ct-DNA was groove binding.
Fluorescence spectroscopy is one of the most widely used spectroscopic techniques in the fields of gene expression, clinical chemistry, biochemistry and molecular biophysics today. The technique has become quite popular because of its acute sensitivity to changes in the structural and dynamic properties of biomolecules and biomolecular complexes. Fluorescent probes constitute an important field in fluorescence spectroscopy. In this thesis, interaction of the hidrazone derivative used as fluorescent probe with double stranded DNA (ct-DNA) was investigated using fluorescence sensing and UV-visible absorption spectra. In this study, we reported the syntheses and investigation of the modes of binding to ct-DNA of hydrazone derivative (coded as AN1). The Stern-Volmer quenching constant, binding constant, binding sites and the corresponding thermodynamic parameters ?H, ?S and ?G were calculated at different temperatures. The results indicated the formation of AN1-ct-DNA complex and electrostatic interactions are the predominant intermolecular forces for AN1 complex. The results of absorption, ionic strength and iodide ion quenching suggested that the interaction mode of AN1with ct-DNA was groove binding.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Stern-Volmer eşitliği, hidrazon boyaları, floresans sönümü, oluğa tutunma, Stern-Volmer equation, hydrazone dyes, fluorescence quenching, Groove binding
