Delaunay teselasyonu sonucunda elde edilen tetrahedronların küresellik değerleri ile protein yüzeylerinin ve protein komplekslerinin arayüzlerinin karakterizasyonu

Basit Öğe Kaydı
dc.contributor.advisorBağcı, Elife Zerrin
dc.contributor.authorGezginci, Mehmet
dc.date.accessioned2022-04-06T06:49:27Z
dc.date.available2022-04-06T06:49:27Z
dc.date.issued2021
dc.departmentEnstitüler, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoloji Ana Bilim Dalı
dc.description.abstractTüm yaşam süreçlerinde kritik rol oynayan proteinlerin nasıl kompleks yapı oluşturdukları henüz tam olarak açıklanamamıştır. Bu çalışmada tekil proteinler ve protein komplekslerinin yapılarından elde edilmiş olan tetrahedronlar ve bu tetrahedronlara ait hacim değerleri ve küresellik değerleri incelenerek protein komplekslerinin yüzey ve arayüzlerinin karakterize edilmesi amaçlanmıştır. Bu çalışmada kullanılan proteinler ComSin veri tabanından seçilmiş ve her bir proteinin Protein Data Bankasındaki (PDB) elde edilmiş atom koordinatlarından yararlanılarak Delaunay teselasyonu ile tetrahedronlar belirlenmiştir. Bu tetrahedronlar kullanılarak tetrahedronların hacim ve ku?resellik değerleri hesaplanmıştır. Çalışma sonucunda protein yüzeyini oluşturan tetrahedronların, toplam tetrahedronların ~%10'unu oluşturduğu görülmüştür. Yüzey tetrahedronlarının ~%95'nin oluşturduğu homo-dimer protein arayüzlerine ait tetrahedronlarının hacmi, yüzeydekilerin hacimlerine göre büyük bulunmuşken küresellik değerleri küçük bulunmuştur. Yüzey tetrahedronları belirlenirken az sayıda tetrahedronun protein yüzeyinde iki üçgene sahip oldukları fark edilmiş ve bunlara "keskin tetrahedronlar" denilmiştir. Keskin tetrahedronların protein arayüzüne geçme oranlarının daha yüksek olduğu gözlemlenmiştir. Retroviral proteaz ailesine ait proteinlerde tespit edilen keskin tetrahedronlara ait olan rezidülerin arasında deneysel olarak önemli oldukları belirlenen rezidülerin de olduğu gösterilmiştir. Bu sonuç keskin tetrahedronların proteinlerin kompleks yapılarında önemli bölgeleri temsil ettiklerine işaret etmektedir. Protein komplekslerindeki protein yüzeyinin ve arayüzünün belirlenmesi, kanser ve Alzheimer hastalığı gibi yaşamı tehdit eden durumlar için yeni tedavilerin ve yeni ilaçların geliştirilmesine olanak sağlayacaktır.
dc.description.abstractIt has not been fully explained how proteins, which play a critical role in all life processes, form complex structures. In this study, it is aimed to characterize the surfaces and interfaces of protein complexes by examining the tetrahedra obtained from the structures of individual proteins and protein complexes, and the volume and sphericity values of these tetrahedra. The proteins used in this study were selected from the ComSin database and tetrahedra were determined by Delaunay tessellation of the atomic coordinates of each protein obtained from the Protein Data Bank (PDB). Using these tetrahedra, the volume and sphericity values of the tetrahedra were calculated. As a result of the study, it was found that the tetrahedra forming the protein surface constitute ~10% of the total tetrahedra. While the volume of the tetrahedra belonging to the homo-dimer protein interfaces formed by ~95% of the surface tetrahedra was found to be large compared to the volumes of the surface tetrahedra, the sphericity values were found to be small. When the surface tetrahedra was examined, it was noticed that a few tetrahedra had two triangles on the protein surface and these were called "sharp tetrahedra" in this study. It was observed that sharp tetrahedra had a higher rate of transition to the protein interface. It has been shown that residues belonging to sharp tetrahedra detected in proteins belonging to the Retroviral Protease family consisted the residues studied experimentally and determined to be important. This result indicates that sharp tetrahedra represent important regions in the complex structures of proteins. Determining the protein surface and interface in protein complexes will enable the development of new treatments and new drugs for life-threatening conditions such as cancer and Alzheimer's disease.
dc.identifier.endpage118
dc.identifier.startpage1
dc.identifier.urihttps://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=tqUiYt63sTQLTpozMJ92Qu10LozDND52-Wv4zjq8wNZoiH8sjz_E_hEOKGiz666y
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.11776/4113
dc.identifier.yoktezid693628
dc.institutionauthorGezginci, Mehmet
dc.language.isotr
dc.publisherTekirdağ Namık Kemal Üniversitesi
dc.relation.publicationcategoryTezen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.subjectBilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol
dc.subjectComputer Engineering and Computer Science and Control
dc.subjectBiyofizik
dc.subjectBiophysics
dc.subjectBiyoloji
dc.subjectBiology
dc.titleDelaunay teselasyonu sonucunda elde edilen tetrahedronların küresellik değerleri ile protein yüzeylerinin ve protein komplekslerinin arayüzlerinin karakterizasyonu
dc.title.alternativeCharacterization of the surfaces of proteins and the interfaces of protein complexes with the sphericity values of tetrahedra obtained by Delaunay tesselation
dc.typeDoctoral Thesis

Dosyalar

Orijinal paket
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim
İsim:
693628.pdf
Boyut:
5.11 MB
Biçim:
Adobe Portable Document Format
Açıklama:
Tam Metin / Full Text
İndir

Koleksiyon

Fen Bilimleri Enstitüsü Tez Koleksiyonu