Ziraat Fakültesi Koleksiyonu

Bu koleksiyon için kalıcı URI

https://hdl.handle.net/20.500.11776/4021

Listeleniyor 1 - 20 / 1461

Tane Özellikleri Üzerine Eğim, Anaç ve Salkım Seyreltmenin Etkisi
(2022) Koşkoşoğlu, Batuhan; Korkutal, İlknur; Bahar, Elman
Üzümün olgunlaşması bazı karmaşık fiziko-kimyasal ve biyo-kimyasal süreçlerden meydana gelir. Bu süreçleri; iklim, toprak, coğrafi konum, çeşit, anaç ve kültürel işlemler, kısacası tüm terroir bileşenleri etkilemektedir. Bu kavramlar tek başına etkili olduğu gibi, birbirleriyle de sürekli bir etkileşim halindedir. Bu araştırmada terroir-asma-üzüm ilişkileri incelenmiştir. Deneme Şarköy/Tekirdağ’da bulunan Kalpak Tarım Ürünleri Ltd. Şti. bağlarında iki yıl süreyle 2019/2020 ve 2020/2021 yürütülmüştür. Eğimi %18, rakımı 309-327 m arasında ve Cabernet Franc/Fercal ve Cabernet Franc/140Ru aşı kombinasyonlarının kullanıldığı 70 cm gövde yüksekliğine sahip bağda, sıra arası genişlik 2.1 m sıra üzeri genişlik ise 1.0 m’dir. Kuzey-Güney doğrultusunda dikilmiş olan asmalar, Kordon Royat terbiye sisteminde duvar şeklinde terbiye edilmiştir. Araştırmanın amacı; eğimdeki konumları (Üst, Orta ve Alt Bölge) dikkate alınan iki farklı anaca (140Ru ve Fercal) aşılanmış olan omcalara uygulanan 3 farklı salkım seyreltmenin (%0, %25 ve %50) tane özelliklerini nasıl etkilediğini belirlemektir. Sonuç olarak; Fercal anacında tane yaş ağırlığı, tane kuru ağırlığı, tane hacmi, tane özkütlesi ve tane kabuk alanı açısından düşük değerler alınmıştır. Öte yandan 140Ru anacından da tane eni, tane boyu, % kuru ağırlık ve tane kabuk alanı / tane eti hacmi açısından düşük değerler elde edilmiştir. Eğimdeki konumları incelendiğinde; Üst konumu tane özkütlesi ve tane kabuk alanı / tane eti hacmi dışındaki diğer kriterleri düşürmüştür. İncelenen iki yılda da bağdan ortalama 700-800 kg da-1 arasında verim alındığından salkım seyreltme yapılmamasının (%0 S) daha uygun olacağı saptanmıştır.
Bakteriyel İnokulant ve Organik Asit İlavesi ile Yeniden Silolamanın Mısır Silajının Aerobik Stabilitesi ve In Vitro Gaz Üretim Parametreleri Üzerine Olan Etkileri
(2022) Erten, Kadir; Koç, Fisun; Kaya, Ali
Bu çalışmada, mısır silajının, inokulant ve organik asit ilave edilerek farklı sürelerde yeniden silolanmasının silaj kalitesi ve aerobik stabilite açısından değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Çalışmanın bitkisel materyalini II. ürün mısır silajı oluşturmuştur. Fermantasyon döneminin 150. gününde açılan mısır silajı 3 muamele grubuna bölünmüştür. Muamele grupları 1- Kontrol, 2- Lactobacillus buchneri (LB) 3- Organik Asit (OA)’ten oluşturulmuştur. Yeniden silolama süresinin etkisini ortaya koyabilmek amacı ile her bir muamele grubu kendi içerisinde alt muamele gruplarına ayrılarak oksijene maruz kaldığı sürenin 6., 12. ve 24. saatinde yeniden silolanarak fermantasyona tabi tutulmuştur. Yeniden silolamanın 60. günü açılan silajlarda kimyasal ve mikrobiyolojik analizler yapılmıştır. Ayrıca, silajların in vitro gaz üretim değerleri saptanmıştır. Silolama döneminde (60. gün) açılan tüm silajlara 7 gün süre ile aerobik stabilite testi uygulanmıştır. Araştırma sonuçları, mısır silajlarının katkı maddesi ilave etmeden yeniden silolanabileceğini, ancak yeniden silolamada organik asit kullanımının aerobik stabiliteyi geliştirdiği yönündedir. Yemlerin in vitro gaz değerlerinden elde edilen verilere göre, inkübasyon süresinin 24. saatinden 96. saatine kadar silolama süresinin 6. saatinde LB ve OA silajların metan üretimi, kontrol grubuna göre yüksek bulunmuştur (P<0.05).
Yüksek Nemli Dane Mısıra Bakteriyel İnokulant İlavesinin Silolama Süresi ve Aerobik Stabilitesi Üzerine Etkileri
(2022) Okuyucu, Berrin; Polat, Cemal; Gürsoy, Sinan
Bu çalışma, yüksek nemli dane mısıra homofermantatif + heterofermantatif özelliklere sahip iki farklı inokulantın ilave edilmesinin, farklı açım dönemlerinde (15 ve 30 gün) fermantasyon ve aerobik stabilite üzerine etkilerini belirlemek amacıyla düzenlenmiştir. Araştırma materyalini yaklaşık %64.84 kuru madde (KM) içeriğine sahip kırılmış yüksek nemli dane mısır oluşturmuştur. Laktik asit bakteri inokulantı olarak Pioneer 11CFT (Lactobacillus plantarum ATCC 55944, Lactobacillus buchneri ATCC PTA-6138) ve Lalsil combo (Lactobacillus plantarum CNCM MA 18/5U, Lactocbacillus buchneri NCIMB 40788) kullanılmıştır. İnokulant firma önerisi doğrultusunda silajlara ilave edilmiştir. Katkı maddesi ilavesinden sonra silaj örnekleri her muamele grubunda 5’er tekerrür olmak üzere plastik torbalara vakumlanarak doldurulmuştur. Paketler laboratuvar koşullarında 20 ± 2 °C sıcaklıkta depolanmışlardır. Fermantasyonun 15. ve 30. günü açılan silaj örneklerinde kimyasal ve mikrobiyolojik analizler yapılmıştır. Açım dönemi sonrası silajlara 5 günlük aerobik stabilite testi uygulanmıştır. Araştırma sonucunda, silolama süresine bağlı olarak silajların pH değeri, amonyağa bağlı nitrojen (NH3-N), suda çözünebilir karbonhidrat (SÇK), lactobacilli (LAB) ve maya içerikleri artarken, KM içerikleri ise düşmüştür (P< 0.001). Katkı maddesi ilaveli silajların, NH3-N, SÇK, laktik asit (LA), LAB ve maya içerikleri kontrol grubu silajlarına oranla daha yüksek, pH değerleri ise daha düşük tespit edilmiştir (P<0.001). Aerobik stabilite dönemi üzerinde silolama süresi etkili olmuş, süreye bağlı olarak silajların pH değeri, karbondioksit (CO2) üretimi ve maya içerikleri düşmüştür (P<0.001). Aerobik stabilite döneminde Pioneer 11CFT inokulantı kullanılan yüksek nemli dane mısır silajlarında CO2 üretimini azaltmıştır. Katkı maddesi ilaveli silajların aerobik stabilite döneminde maya içerikleri arttırmıştır, ancak katkı maddesi ilavesi küf gelişimini ise tamamen önlemiştir. Yüksek nemli dane mısır silajlarına, katkı maddesi ilave edilmesinin özellikle küf gelişimini önlemesi araştırmanın önemli bulgulardan birisidir.
Arıcılıkta Bazı Biyoteknolojik Gelişmelere Bakış
(2021) Oskay, Devrim; Balkanska, Ralitsa; Topal, Erkan; İvgin Tunca, Rahşan; Sarıoğlu, Aybike; Güneş, Nazmiye
Arıcılıktaki araştırmalar birçok bilim dalının ışığında yapılmakta olup biyoteknoloji bunlardan biridir. İklimde yaşanan değişimler, arıların beslenme ve besin kaynaklarını etkilerken, son yıllarda hastalık ve zararlıların giderek artması ve kimyasal ilaçlara karşı gerek arının gerekse de parazit ve patojenlerin direnç geliştirmeleri sebebiyle hastalık etmenlerine bu kimyasalların çare olamaması arıcılıkta biyoteknolojik çalışmalara yönelimi hızlandırmıştır. Hastalıklara dirençli / verimli arı ırklarının ve mevcut katkı maddelerinin geliştirilmesiyle birlikte, yeni yem kaynakları oluşturulmasına yönelik biyoteknolojik araştırmalar yapılmaktadır. Özellikle dünyadaki gelişmelere uyum sağlamak sürdürülebilir arıcılık faaliyetleri açısından da oldukça önem taşımaktadır. Bu çalışmada bal arısı ve arıcılık sektöründe yapılmış bazı biyoteknolojik araştırmalar incelenerek bu alandaki gelişmelerin ortaya konulması ve yakın gelecekte yapılacak çalışmalara ışık tutulması amaçlanmıştır.
Effects of Some Vitamin, Mineral, Esantial Oils Used in Animal Nutrition on Meat Quality
(2021) Soycan Önenç, Sibel; Özdoğan, Mürsel
With the increase in industrial animal husbandry, animal yield (for example, meat yield) has been accepted as the most important indicator. The quality of product has been ignored. Recently the quality of animal products as meat quality as has been questioned as conscious consumers have increased. In addition, animal nutritionist focused on research to improve both the quantity and quality of animal products. Feed additives are used in poultry and ruminant nutrition to improve performance and quality of animal products. Today, probiotics, prebiotics, organic acids, vitamin-mineral premixes and essential oils are feed additives commonly used in animal nutrition. It has been demonstrated through studies that these have a positive effect on the quality of poultry and ruminant meat. In this review, the effects of some vitamins, minerals and essential oils used in animal nutrition on meat quality are emphasized.
COMPARISON OF SYNTHETIC HEXAPLOID WHEAT LINES FOR RESISTANCE TO ROOT ROT (Fusarium spp.)
(Soc Field Crop Sci, 2022) Başer, İsmet; Çay, Feyza Tahan; Göçmen, Damla Balaban
In the study, 58 synthetic bread wheat lines and 6 bread wheat varieties used as standard were used as material. Synthetic bread wheat lines: ZFSN was obtained from the elite 2 synthetic lines of CIMMYT and HRSN was obtained from CIMMYT 14SYNT. In the experiment, Selimiye, Flamura 85, Pehlivan, Aldane, Bereket and Gelibolu bread wheat varieties were used as standard. In the studies carried out in field conditions for two years, only 11 of the 64 genotypes had root rot above the 2.00 scale value. The fact that all of these 11 genotypes are different by years reveals that studies without artificial inoculation should be repeated for more years. In the study carried out with artificial inoculation in laboratory conditions, the root rot values were much higher than the field conditions. The data obtained in two years show higher resistance to root rot of synthetic wheat lines than bread wheat varieties. When inoculated by artificial inoculation, all of the 28 genotypes (2.00-2.33) with the lowest root rot were synthetic bread wheat lines. The highest resistance to root rot was observed in ZFSN 6, HRSN 11-14, HRSN 13-17, HRSN 6-8, ZFSN 8 and ZFSN 3 synthetic bread wheat lines. Data from studies conducted over two years indicate that synthetic bread wheat lines are valuable source material for plant breeding for root rot resistance.
HETEROSIS AND COMBINING ABILITY VIA LINE × TESTER ANALYSIS FOR QUALITY AND SOME AGRONOMIC CHARACTERS IN SAFFLOWER
(Society of Field Crops Science, 2022) Culpan, Emrullah; Arslan, Burhan
This research was conducted in 2018 and 2019 at Tekirdag Namık Kemal University, Faculty of Agriculture, Field Crops Department, Research and Experimental area. It was aimed to determine general combining abilities (GCA) of parental lines, specific combining abilities (SCA) of hybrids, having F1 hybrids from 5 female lines and 9 male testers. For this purpose, lines and testers were hybridized in all combinations using line x tester method in 2018. The field experiments for hybrids (F1) were designed in a randomized complete block with three replications in 2019. The male parents Linas as high general combiners for developing increased seed and oil yields in safflower hybrids. The highest heterosis for oil content was calculated EC18 hybrid (14.281%). The highest heterosis was calculated in EC2 (34.079%) and EC4 (34.548%) for seed and oil yield, respectively. In the study, similar heterotic effect was observed between seed and oil yield as there is interaction between them. Hybrid EC2, EC4 and EC18 were determined as best combinations for high seed yield, oil content and oil yield according to the SCA and heterosis values. The promising hybrids will be grown in the next generations together with the other hybrids in order to ensure sufficient variation, and the selection will be started in the later generations such as F3 and F4. © 2022, Society of Field Crops Science. All rights reserved.
THE GENETIC DIVERSITY OF SAFFLOWER (Carthamus tinctorius L.) GENOTYPES DEVELOPED BY HYBRIDIZATION USING SSR MARKERS
(Serbian Genetics Society, 2022) Culpan, Emrullah; Arslan, Burhan
Safflower is an annual oilseed crop which has healthy edible oil containing high amount of unsaturated fatty acids in the world. In this study, we investigated safflower registered cultivars of Turkey (4), genotypes retrieved from USDA (10) and their hybrids (45) for genetic variation using 10 simple sequence repeat (SSR) loci. Genetic diversity calculated registered cultivars, genotypes and hybrids were as follows: mean number of alleles (4.67), expected heterozygosity (0.680), average effective number of alleles (3.172), and polymorphism information content (0.664). The dendrogram analysis revealed at least four possible major clusters in the parents and hybrids. High level of genetic diversity explained between the populations and Fst calculate (0.593) suggested that the clusters were differentiated to each other. Registered safflower cultivars of Turkey were distributed across all four clusters and the accessions from USA were defined in most of the clusters. The dendrogram based method analysis revealed two major clusters which corresponded to spiny and spineless safflower genotypes. It was suggested that the studied 6 SSR markers could be utilized for safflower breeding studies based on molecular analysis © 2022, Genetika.All Rights Reserved.
Effect of post-production vermicompost and thermophilic compost blending on nutrient availability
(Pergamon-Elsevier Science Ltd, 2023) Bellitürk, Korkmaz; Fang, Lynn; Gorres, Josef H.
Composting is a common waste management strategy for recycling nutrients from organic household or agri-cultural wastes. However, thermophilic (e.g. windrow) composting and vermicomposting (using earthworms) produce different nutrient and enzyme profiles. Vermicompost is purported to have greater fertility benefits, but is also more expensive than thermophilic compost. The objective of this study was to examine a novel approach to designing organic fertility amendments by blending mature vermicompost and thermophilic compost. To examine the effect of blending, vermicompost was admixed to thermophilic compost at 20, 50 and 70 % by mass, with and without the addition of coir (cocopeat). Electric conductivity, water-extractable, immediately available N, P and K were measured. Vermicompost and coir synergistically affected the availability of these nutrients. Synergistic effects were between 15 and 40 % for total inorganic N in blends with coir. Without coir, synergism occurred only at vermicompost additions >= 50 %. Synergism for available P and K was present in all blends and ranged from 10% to 35%. Electrical conductivity measurements suggest that blending affected compost within three days of starting the incubation. The activity of five of seven measured enzymes were linearly and positively related to the fraction of vermicompost in the blend. Blending mature composts with differing properties may be another tool, in addition to adjusting feedstock and process parameters, to affect positively the fertility properties of composts.
Tekirdağ Koşullarında Farklı Ekim Zamanlarının Bazı Koca Fiğ (Vicia narbonensis L.) Çeşitlerinin Tane Verimine Etkisi
(2020) Tenikecier, Hazım Serkan
Araştırma ile Tekirdağ koşullarında dört farklı zamanda ekilen bazı koca fiğ çeşitlerinin tane verimine etkili bazı özellikleri ile tane verimlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışma, Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Tarla Bitkileri Bölümü Araştırma ve Uygulama Alanı’nda, 2015-2018 yılları arasında 3 yıl süreyle tesadüf bloklarında bölünmüş parseller deneme desenine göre 3 tekrarlamalı olarak yürütülmüştür. Araştırmada 3 koca fiğ çeşidi (Bozdağ, Özgen, Dikili) materyal olarak kullanılmıştır. Çeşitler ana parselleri, 4 farklı ekim zamanı (Kasım, Aralık, Ocak ve Şubat) ise alt parselleri oluşturacak şekilde deneme planlanmıştır. Doğal bitki boyu, bitkide bakla sayısı, 1000 tane ağırlığı ile tane verimi saptanmıştır. En yüksek doğal bitki boyu Özgen çeşidinde (54.93 cm) ve 1. ekim zamanında (71.80 cm), bitkide bakla sayısı 1. ekim zamanında (15.01 adet), bin tane ağırlığı Dikili ve Bozdağ çeşitlerinde (255.05 ve 254.19 g) ve 1. ekim zamanında (258.28 g), tane verimi 3. ekim zamanında Dikili çeşidinde (137.76 kg/da), 2. ekim zamanında Bozdağ çeşidinde (136.72 kg/da) ve 2. ve 3. ekim zamanında Özgen çeşidinde (136.40 ve 134.89 kg/da) belirlenmiştir. Sonuç olarak; araştırmanın yapıldığı il ve benzer iklim koşullarına sahip bölgelerde, koca fiğden yüksek tane verimi amaçlandığında ekiminin Aralık (2. ekim zamanı) ve Ocak (3. ekim zamanı) aylarında yapılması uygun olacaktır.
Greenhouse Gas Emission Reduction Potential of Lavender Meal and Essential Oil for Dairy Cows
(Mdpi, 2023) Coşkuntuna, Levend; Lackner, Maximilian; Erten, Kadir; Gül, Sevilay; Palangi, Valiollah; Koç, Fisun; Esen, Selim
This research aims to evaluate the potential of lavender meal (LM) and lavender essential oil (LEO) to mitigate methane emissions by dairy cows. Locally grown lavender was collected fresh for this purpose, and its oil was extracted using the cold-press method. The resultant LEO and LM and whole lavender (WL) were added to dairy cow concentrate feed at 0%, 0.05%, and 0.10%, and their effects on vitro gas production values and gas concentrations were subsequently assessed. Out of the 30 bioactive compounds isolated from LEO, linalool and linalyl acetate were the most common-accounting for 70.4% of the total. The lavender dose had a significant influence on gas production for up to 12 h. No significant variations were found across the lavender forms when gas kinetics, in vitro degradability, and predicted energy values were compared. The addition of WL to the concentrate feed of dairy cows produced the greatest quantities of methane, carbon dioxide, and hydrogen sulfide, whereas LEO resulted in the lowest values. In contrast, no significant difference in ammonia content was found across the various lavender forms added into dairy cow concentrate feed. The results of this research suggest that adding 0.05-0.10% LM and LEO to concentrate feed may decrease greenhouse gas emissions from dairy cows.
Effects of Sour Yogurt as an Alternative Additive in Second Crop Corn Silage
(Mdpi, 2022) Önenç, Sibel Soycan; Erten, Kadir; Canbolat, Önder
In this study, we evaluated the influence of sour yogurt as a natural microbial inoculant in second-crop corn silages. For this purpose, two trials with different dilution rates were conducted. In Trial I, the groups 10 g sour yogurt + 5 g distilled water (SY10-2), 20 g sour yogurt + 10 g distilled water (SY20-2), 30 g sour yogurt + 15 g distilled water (SY30-2), 40 g sour yogurt + 20 g distilled water (SY40-2), 50 g sour yogurt + 25 g distilled water (SY50-2) and no additives were added to the control (CON) group. The groups in Trial II, 10 g sour yogurt + 10 g distilled water (SY10-1), 20 g sour yogurt + 20 g distilled water (SY20-1), 30 g sour yogurt + 30 g distilled water (SY30-1), 40 g sour yogurt + 40 g distilled water (SY40-1), 50 g sour yogurt + 50 g distilled water (SY50-1) and 10 g of distilled water were added to the control (WCON) group. For the silages opened on the 90th day of ensiling, the highest lactic acid content was determined in the SY20-2 and SY20-1 groups (p < 0.05). The lowest amount of ammonia nitrogen was in the SY30-2 group (p < 0.05). In the aerobic period, the SY10-2 and SY20-2 groups remained more stable than the others. As a result, the SY20-2, SY30-2, SY20-1, and SY30-1 groups improved the fermentation quality of corn silages, but the effect on aerobic stability was not significant and was similarly found with the homofermentative bacterial inoculants.
Moringa oleifera and Propolis in Cattle Nutrition: Characterization of Metabolic Activities in the Rumen In Vitro
(Mdpi, 2022) Mahmood, Mubarik; Samli, Hasan Ersin; Şener-Aydemir, Arife; Sharma, Suchitra; Zebeli, Qendrim; Khiaosa-ard, Ratchaneewan
Moringa oleifera by-products such as seed cake and leaves are protein-rich ingredients, while raw propolis has the potential to influence ruminal protein metabolism. These substances are also known to be sources of functional compounds. With these properties, they could modulate ruminal fermentation activities. Using the rumen simulation technique, we investigated ruminal fermentation and the antioxidant properties of four dietary treatments. These included a control diet (CON) without supplementation; the CON diet top-dressed on a dry matter (DM) basis, either with moringa seed cake (MSC, containing 49% crude protein (CP)), moringa leaf powder (ML, containing 28% CP), or raw propolis (PRO, 3% CP). MSC, ML, and PRO accounted for 3.8, 7.4, and 0.1% of the total diet DM, respectively. Both ML and MSC resulted in 14 and 27% more ammonia concentration, respectively than CON and PRO (p < 0.05). MSC increased the propionate percentage at the expense of acetate (p < 0.05). Both ML and MSC decreased methane percentages by 7 and 10%, respectively, compared to CON (p < 0.05). The antioxidant capacity of the moringa seed cake, moringa leaf powder, and raw propolis were 1.14, 0.56, and 8.56 mg Trolox/g DM, respectively. However, such differences were not evident in the fermentation fluid. In conclusion, the supplementation of moringa seed cake desirably modulates rumen microbial activities related to protein and carbohydrate metabolism.
Effects of Sequential Hydrogen Peroxide Applications on Salt Stress Tolerance in Bread Wheat Varieties
(Ankara Univ, Fac Agr, 2022) Arıcan, Elif Saadet; Demirbaş, Sefer
Salinity is affecting plant growth and development. Low concentration of hydrogen peroxide (H2O2) has shown to be effective against various stress factors. In this study, effect of different H2O2 priming methods on growth, physiological and biochemical parameters in three wheat varieties (NKU Lider, Sultan-95, and Tosunbey) under salt stress were investigated. Salt stress (0 and 160 mM NaCl) was applied gradually to 100 mu M H2O2 applied (-H2O2: negative control, no application; H2O2: positive control, 100 mu M H2O2 applied; 1xH2O2: 100 mu M H2O2 applied one year ago; 2xH2O2: 100 mu M H2O2 applied second time after one year) wheat seedlings. Biochemical results showed that the lowest H2O2 level was in NKU Lider variety and in-H2O2 and 1xH2O2 groups. The lowest thiobarbituric acid reactive substances (TBARS) level was in Tosunbey variety and 2xH2O2 group. The highest superoxide dismutase (SOD) activity was in NKU Lider variety, all H2O2 pre-treatment caused an increase in SOD activity and 2xH2O2 pre-treatment caused the highest SOD activity. However, H2O2 and TBARS levels increased in all application groups except 2xH2O2 group, while the H2O2 amount increased and TBARS level decreased in 2xH2O2 group. MnSOD was not detected in any groups. CuZnSOD increased in all groups except 2xH2O2 groups under salt stress in Sultan-95 variety compared to FeSOD. H2O2 pre-treatment better tolerated salt stress, and second-applied H2O2 pre-treatment eliminated the stress and improved plant growth. In conclusion, it was determined that H2O2 re-pre-treatment to wheat seeds resulted in improvement of plant growth in tolerant varieties exposed to salt stress.
Farklı Yüksekliklerden Toplanan Pembe Ladenin (Cistus creticus L.) Uçucu Yağ Oranı ve Kimyasal Bileşenlerinin Belirlenmesi
(2022) Culpan, Emrullah; Arslan, Burhan
Bu araştırma Tekirdağ ilinin Kumbağ, Yeniköy ve Uçmakdere mevkilerinde geniş bir alanda yayılış gösteren pembe laden bitkisinin (Cistus creticus L.) uçucu yağ oranı ve bu yağın kimyasal bileşimini belirlemek amacıyla 2019 yılında yürütülmüştür. Bu amaçla farklı yüksekliklerden toplanan (0, 50, 100 ve 150 m) pembe laden bitkisinin yaprakları oda sıcaklığında kurutulmuş ve numunelerden Clevenger cihazı yardımıyla uçucu yağ tayini yapılmıştır. Uçucu yağın kimyasal bileşimi GC/MS cihazı ile incelenmiştir. Araştırma sonucuna göre, uçucu yağ bileşiminin %73,03'ünü (? %1) temsil eden 13 bileşen tanımlanmış ve yağın ana bileşenlerini kamfen (%19,45) ve ?-pinen (%13,85) oluşturmuştur. Ülkemizin birçok bölgesinde yayılış gösteren Cistus türlerinin üretimi yapılıp, uçucu yağlarının aktif bileşen miktarı ve içeriği belirlenebilirse gıda katkı maddelerine, sentetik antioksidanlara ve ilaç etken maddelerine doğal bir alternatif ürün olabilecekledir.
Morfolojik Ve Moleküler Yöntemlerle Çeltikte (Oryza sativa L.) Generatif Dönem Soğuk Stresinin Etkilerinin Belirlenmesi
(2021) Gençtan, Temel; Ünan, Rasim
Çeltik tropikal bir bitki olup soğuktan olumsuz yönde etkilenmektedir, bununla birlikte Türkiye gibi ılıman iklim bölgelerinde tarımı yapılmaktadır. Bu çalışma bazı çeltik genotiplerinde generatif dönemde kontrollü şartlarda oluşturulan soğuk stresinin etkilerini belirlemek amacıyla yapılmıştır. Deneme 13 çeltik genotipi üzerinde Edirne Trakya Tarımsal Araştırma Enstitüsünde 2013, 2014 ve 2015 yıllarında yürütülmüştür. Generatif dönemdeki çeltikler bitki büyütme kabininde 8 gün boyunca 9 °C soğuk uygulaması yapılmış ve sera ortamına transfer edilerek olgunlaşma dönemi sonunda hasat edilmiştir. Deneme tesadüf parselleri deneme deseninde 3 tekerrürlü olarak yürütülmüştür. Hasatta sterilite ölçümü yapılarak genotipler generatif dönem soğuk stresi yönünden sınıflandırılmıştır. Sonuçta kontrol uygulamasında % 11.3 sterilite ölçülürken, soğuk uygulamasında % 30.8 sterilite ölçülmüştür. Soğuk stresi sterilite oranını % 272.6 artırmıştır. Indika tipi çeltiklerin Japonika tipi çeltiklere göre daha hassas oldukları gözlenmiştir. Tunca, Hamzadere ve IR50 çeşitleri hassas olarak belirlenirken, Paşalı, Mevlütbey ve Halilbey çeşitleri toleranslı olarak belirlenmiştir. Ayrıca moleküler tekniklerle, üç, yedi ve dokuzuncu kromozom üzerinde bulunan üç farklı QTL (Kantitatif Özellik Lokusu) bölgesi taranarak generatif dönemde soğuk toleransı incelenmiştir. Moleküler sonuçlarla morfolojik sonuçların benzer olduğu tespit edilmiştir. Generatif dönemde soğuk stresi yaşanan bölgelerde seçilen çeşitlerin kullanılması tavsiye edilmektedir.
Optimal Propagation and Rooting Mediums in Rubus spp. by in Vitro Micropropagation
(2022) Topçu, Hayat
Rubus spp. is a shrub-form plant known for its fruits called blackberries. Blackberries are plants with high commercial value, delicious taste, nice aroma, and high nutritional value. Turkey has wealthy genetic origins of Rubus species. Conventionally, the trading propagation of Rubus plants is done as vegetatively, utilizing truncation, rooting, or stratuming. However, these traditional methods are time-consuming and inefficient in virus-free plant production. Cloning of plant grown in the tissue culture also enables to obtain virus-free plants and to provide fast replicating high standard plants. Rubus obtained by micropropagation is used for the formation of commercial fruit plantations as well as source plant formation. In this work, the aim is the development of in vitro micropropagation process of the wild Rubus in the Trakya Region. Proliferation from axillary buds was made by adding BAP (6- Benzylaminopurine), NAA (Naphthalinacetic acid) and GA3 (Gibberellic acid) in various combinations and concentrations to the MS medium. Rooting was successfully realized with 83.3% rooted plants in 1 IBA medium. No roots were seen in 0 MS. The survival rate of plants transferred to ex vitro conditions was 100%.
In Silico Phylogeny, Sequence and Structure Analyses of Fungal Thermoacidophilic GH11 Xylanases
(Univ Namik Kemal, 2023) Sürmeli, Yusuf
Thermoacidophilic xylanase enzymes are mostly preferred for use as animal feed additives. In this study, we performed in silico phylogeny, sequence, structure, and enzyme-docked complex analyses of six thermoacidophilic GH11 xylanases belonging to various fungal species (Gymnopus androsaceus xylanase = GaXyl, Penicilliopsis zonata xylanase = PzXyl, Aspergillus neoniger xylanase = AnXyl, Calocera viscosa xylanase = CvXyl, Acidomyces richmondensis xylanase = ArXyl, Oidiodendron maius xylanase = OmXyl). To do this, amino acid sequences of six fungal thermoacidophilic GH11 xylanases, belonging to unreviewed protein entries in the UniProt/TrEMBL database, were investigated at molecular phylogeny and amino acid sequence levels. In addition, three-dimensional predicted enzyme models were built and then validated by using various bioinformatics programs computationally. The interactions between enzyme and the substrate were analyzed via docking program in the presence of two substrates (xylotetraose = X-4 and xylopentaose = X-5). According to molecular phylogeny analysis, three clusters of these enzymes occurred: the first group had PzXyl, AnXyl, and CvXyl, and the second group possessed GaXyl and OmXyl, and the third group included ArXyl. Multiple sequence alignment analysis demonstrated that the five xylanases (ArXyl, OmXyl, CvXyl, PzXyl, AnXyl) had longer N-terminal regions, indicating greater thermal stability, relative to the GaXyl. Homology modeling showed that all the predicted model structures were, to a great extent, conserved. Docking analysis results indicated that CvXyl, OmXyl, and AnXyl had higher binding efficiency to two substrates, compared to the GaXyl, PzXyl, and ArXyl xylanases, and CvXyl-X-4 docked complex had the highest substrate affinity with a binding energy of -9.8 kCal/mol. CvXyl, OmXyl, and AnXyl enzymes commonly had arginine in B8 beta- strand interacted with two substrates, different from the other enzymes having lower binding efficiency. As a result, it was concluded that the three thermoacidophilic xylanase enzymes might be better candidates as the animal feed additive.
Erken Dönemde Lavanta Bitkisinden Alınan Çeliklerin Bazı in Vivo ve in Vitro Ortamlarda Köklendirilmesi
(2022) Demirbaş, Sefer; Pehlivan, Ceren; Uz, İbrahim; Yatkın, Selen; Rouyandezagh, Sheida Daneshvar
Bu çalı?mada, iki farklı lavanta bitkisinden (Lavandula latifolia (Portekiz lavantası) ve L. x intermedia cv. Süper A) erken dönemde alınan çeliklerde in vitro ve in vivo ko?ullarda köklendirme çalı?maları yapılmı?tır. Bitkilerden alınan çelikler ile iki farklı in vivo [Perlit (P), ?ndol Bütirik Asit (IBA) +Perlit (IBAP)] ve üç farklı in vitro [(Bacto Agar (B), IBA+Bacto Agar (IBAB), Hoagland+IBA+Bacto Agar (HIBAB)] olmak üzere toplamda be? farklı köklendirme denemesi kurulmu?tur. Köklenmeye alınan çeliklerde 15 gün sonra uygulamalar arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark olduğu, en yüksek köklenme oranının IBAB uygulamasından (%89.58) elde edildiği gözlenirken; P, B ve IBAP uygulamalarında herhangi bir köklenme görülmediği saptanmı?tır. Türler arasında kıyaslama yapıldığında, Portekiz lavantasının Süper A çe?idine göre daha hızlı ve daha yüksek köklenme oranına sahip olduğu belirlenmi?tir. Çeliklerde yapılan uygulama sonrası 30. günde en yüksek köklenme oranının 15. günde olduğu gibi IBAB uygulamasında (%94.31), en dü?ük köklenme oranının ise B uygulamasında (%12.08) gözlenmi?tir. Köklenme olan fideler saksıya alınarak önce nem kontrollü seraya, Nisan ayında da sağlıklı fideler koleksiyon bahçesine ?a?ırtılmı?tır. Elde edilen sonuçlara göre, in vitro ortamda yapılan köklendirme çalı?malarında IBA kullanımının mevsimsel olgunluk beklemeden erken dönem lavanta çeliklerinde köklenmeyi hızlandırdığı saptanmı?tır.
Structural and functional analyses of GH51 alpha-L-arabinofuranosidase of Geobacillus vulcani GS90 reveal crucial residues for catalytic activity and thermostability
(John Wiley and Sons Inc, 2022) Sürmeli, Yusuf; Sanli-Mohamed, Gülşah
Alpha-L-arabinofuranosidase (Abf) is of big interest in various industrial areas. Directed evolution is a powerful strategy to identify significant residues underlying Abf properties. Here, six active variants from GH51 Abf of Geobacillus vulcani GS90 (GvAbf) by directed evolution were overproduced, extracted, and analyzed at biochemical and structural levels. According to the activity and thermostability results, the most-active and the least-active variants were found as GvAbf51 and GvAbf52, respectively. GvAbf63 variant was more active than parent GvAbf by 20% and less active than GvAbf51. Also, the highest thermostability belonged to GvAbf52 with 80% residual activity after 1 h. Comparative sequence and structure analyses revealed that GvAbf51 possessed L307S displacement. Thus, this study suggested that L307 residue may be critical for GvAbf activity. GvAbf63 had H30D, Q90H, and L307S displacements, and H30 was covalently bound to E29 catalytic residue. Thus, H30D may decrease the positive effect of L307S on GvAbf63 activity, preventing E29 action. Besides, GvAbf52 possessed S215N, L307S, H473P, and G476C substitutions and S215 was close to E175 (acid–base residue). S215N may partially disrupt E175 action. Overall effect of all substitutions in GvAbf52 may result in the formation of the C–C bond between C171 and C213 by becoming closer to each other. © 2022 International Union of Biochemistry and Molecular Biology, Inc.

Güncel Gönderiler