Histon ELISA ve Nicel PCR Testlerinin Birleştirilerek Histon Metilasyonu ile İlişkili Dolaşımdaki DNA’nın İzolasyonu ve Ölçülmesi

Abstract

Amaç: Kanserli hastaların vücut sıvılarında post-translasyonel histon modifikasyonlarının (PTHM) likit biyopsi bazlı ölçümü, biyobelirteç araştırmalarının yeni bir alanını temsil etmektedir. Bu çalışmada, perisentrik histone 4 lizin 20 trimetilasyonu (H4K20me3) ile ilgili dolaşımdaki DNA’yı çıkarmak ve ölçmek için enzime bağlı immünosorbent testini (ELISA) ve nicel polimeraz zincir reaksiyonu birleştiren bir yaklaşımın uygulanabilirliğini test ettik. Gereç ve Yöntem: ELISA kuyularına plazma eklendikten ve H4K20me3 ile ilgili nükleozomların antikora bağlanmasına izin verildikten sonra, NaHC03, SDS ve proteinaz K içeren bir tampon kullanılarak nükleozomal DNA bağışıklık komplekslerinden ayrıldı ve saflaştırıldı. Kolon kanseri ve kolon polipleri olan hastalardan H4K20me3 ile ilgili DNA’nın miktarını ölçmek için kromozom 16 ve 1’in perisentrik bölgelerinden tek kopya ve çoklu kopya dizisi çoğaltıldı. Bulgular: H4K20me3 ile ilişkili nükleozomal DNA’nın göreceli plazma seviyesi, kolon kanserli hastalarda kontrollere göre daha düşük görüldü ve chr16’ya özgü hedefte istatistiksel olarak anlamlı bir fark saptandı (göreceli değerler sırasıyla 0,037’ye karşı 0,073 idi; p=0,008). H4K20me3 ile ilişkili nükleozomal DNA’nın kolon kanserinde düşük seviyelerde bulunması, diğer teknikler kullanılarak elde ettiğimiz önceki bulgularımızı doğrulamaktadır. Sonuç: Sonuç olarak, bulgularımız ELISA bağışıklık komplekslerinden proteine bağlı DNA’nın doğrudan çıkarılmasının uygulanabilirliğini göstermektedir ve PTHM’lerin veya diğer protein-DNA etkileşimlerinin değerlendirilmesinde farklı bir yöntem sağlayabilir.