ÖZÜNDE DÜZENSİZ YAPILI PROTEİNLER ARASINDAN SEÇİLEN BİR GRUP PROTEİNİN REZİDÜLERİNİN YERLEŞME ÖZELLİKLERİNİN HESAPLAMALI YÖNTEMLERLE İNCELENMESİ

Abstract

Bu çalışmada özünde düzensiz yapılı proteinlerin (ÖDYP) rezidü yerleşme düzenleri hesaplamalı yöntemlerle incelenmiştir. Kullanılan ölçüt, proteinlerin alfa karbonlarının koordinatlarından Delaunay Teselasyonu ile elde edilen tetrahedronların küresellik değerleridir. Kontrol grubu olarak seçilen ÖDYP olmayan proteinlerin (alfa proteinler, beta proteinler) rezidü yerleşme düzenlerini incelemek için oluşturulan tetrahedronların küresellik değerlerinin dağılımlarının heterojen oldukları saptanmıştır. Bu sebeple kontrol grubu iki ayrı grup olarak alfa proteinler ve beta proteinlerden oluşmaktadır. Kontrol grubu proteinlerin ÖDYP grubu proteinler ile Kolmogorov-Smirnov testi ile karşılaştırılmaları sonucu ÖDYP grubu proteinlerin hem alfa, hem de beta proteinlerden küresellik ölçütü kullanıldığında farklılık gösterdiği bulunmuştur. Bu tez çalışmasında elde edilen bulgulara göre ÖDYP’ler birbirleri ile bir grup oluşturmak yerine kendilerine özgü bir yapı sergilemektedirler.

In this thesis, the extent of regularities in residue packing of intrinsically disordered proteins (IDPs) were investigated by computational methods. The criterion is the sphericity of the tetrahedra obtained by Delaunay Tesellation of the C-alpha coordinates of proteins. It is observed that the distributions of the sphericity values of the tetrahedra of the control group proteins which are non-IDPs (alpha proteins, beta proteins) are heterogeneous. Therefore, the control group consists of two separate groups as alpha proteins and beta proteins. It has been found that the IDPs are distinct from both alpha proteins and beta proteins after the comparison of the two sample Kolmogorov-Smirnov test results of proteins in control group, and IDPs, according to the sphericity criterion. As an interesting result of this study, each IDP present as a unique structure instead of belonging to the same structural group.