Farklı türlere ait yulaf (Avena spp.) aksesyonlarının genom büyüklüklerinin ve ploidi seviyelerinin belirlenmesi

Abstract

Genom büyüklüğü biyoloji, genetik, taksonomi ve evrim çalışmaları için son derece yararlı birölçüttür. Bu ölçüt türlere özel olduğundan, tür teşhisine ve gen bankalarında korunan genetikmateryalin etiket bilgilerinin hızlı bir şekilde teyit edilebilmesine imkân sağlamaktadır. Buçalışmada flow sitometri ile 13 farklı Avena türüne ait 64 aksesyonun ortalama genombüyüklüklerinin ve ploidi seviyelerinin belirlenmesi hedeflenmiştir. Analiz edilen A. brevis, A.hirtula, A. longiglumis, A. nuda, A. strigosa, A. ventricosa, A. abyssinica, A. barbata, A.murphyi, A. vaviloviana, A. fatua, A. sativa ve A. sterilis türlerine ait aksesyonların ortalamaçekirdek DNA içeriklerinin 8.58 ile 26.54 pg/2C arasında değiştiği belirlenmiştir. Avenaaksesyonlarının çekirdek DNA içerikleri arasındaki farklılık istatistiki olarak önemli bulunmuşve aksesyonların ploidi düzeylerinin diploid ile hekzaploid arasında değiştiği saptanmıştır.Analizlerden elde edilen sonuçlar USDA-NSGC gen bankasında saklanan bu aksesyonlardanbazılarının etiket bilgilerinin doğru olmadığını ortaya çıkarmıştır. Literatürde mevcutçalışmaların sonuçlarından farklı olarak, incelenen dokuz A. brevis aksesyonunun DNAiçeriklerinin 12.21–12.61 pg/2C aralığında olduğu tespit edilmiştir. Benzer şekilde, USDAGRIN sisteminde mevcut tek A. hirtula aksesyonunda daha önce yapılmış çalışmaların aksineçekirdek DNA miktarı 16.16 pg/2C olarak bulunmuştur.

Genome size is a good metric used in taxonomy and breeding studies for characterization of the genome and determination of evolutionary distances. It is mostly invariable within species; therefore, genome size estimations could be used for species identification and determination of genetic material integrity in germplasm collections. The present study targets verification of genome sizes and ploidy levels of 64 accessions classified in 13 Avena species using flow cytometry. Estimated nuclear DNA content of A. brevis, A. hirtula, A. longiglumus, A. nuda, A. strigosa, A. ventricosa, A. abyssinica, A. barbata, A. murphyi, A. vaviloviana, A. fatua, A. sativa ve A. sterilis accessions in this study ranged between 8.58–26.45 pg/2C. It was found that nuclear DNA contents of the Avena accessions were statistically different, and ploidy levels of accessions are between diploid and hexaploid. Based on the data obtained from the flow cytometry analyses, it was concluded that some accessions were labelled wrongly in the USDA-NSGC collection. Contradicted from the studies in the literature, nuclear DNA content of nine A. brevis accessions were found between 12.21–12.61 pg/2C. Similarly, nuclear DNA content of the sole A. hirtula accession available in the USDA-GRIN system was found as 16.16 pg/2C, which was reported differently in the previous studies.