Yazar "Karabulut, Deniz" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 2 / 2
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Bakteriyel Kanser Ve Solgunluk Hastalığına Dayanıklı Ümitvar Domates Mutantlarında PR1 Geninin Dayanıklılık Mekanizmasındaki Rolü
    (2022) Karabulut, Deniz; Çalış, Özer
    Domates Dünya’da ve Türkiye’de en çok üretilen ve tüketilen sebze bitkileri arasındadır. Domates bitkisi bu kadar çok üretilmesinin yanında yetiştiriciliği esnasında birçok fungal, bakteriyel ve viral hastalık etmenlerinin olumsuz etkilerine maruz kalmaktadır. Bu etmenlerden en önemlileri arasında bulunan bakteriyel kanser ve solgunluk hastalığına neden olan patojen domates bitkilerinde önemli ürün kayıplarına sebebiyet vermektedir. Hastalıkla mücadelede etkin bir yöntem dayanıklı çeşit geliştirmektir. Hastalığa dayanıklı kültür domates çeşitlerinin olmaması nedeniyle NCEBR3 kültür domates hattı ethyl methanesulfonate (EMS) kimyasal mutasyonuna uğratılarak M3-9 ve M3-15 mutant bitkileri hastalığa dayanıklı olarak bulunmuştur. Bu çalışmayla mutant bitkilerdeki dayanıklılığı sağlayan mekanizmalar arasında önemli bir rolü olan p patojenisite ile İlgili (PR1) geninin M3-9 ve M3-15 mutant dayanıklı bitkiler üzerindeki üretimini ortaya koymak için Real-Time PCR analizleri yapılmıştır. Dayanıklılık mekanizması içerisinde üretilen PR1 geni ve bu genin kodladığı proteinler mutant bitkilerde inokulasyondan sonraki 5. güne kadar çok miktarda oluştuğu, buna karşın hassas NCEBR3 bitkilerinde PR1 geni ve onun kodladığı PR1 proteininin üretiminin kısıtlandığı bulunmuştur. Hassas orijinal NCEBR3 bitkilerinde PR1 genin gecikmeli üretilmesi nedeniyle bakteriyel hastalık etmeni kolonize olurken dayanıklı M3-9 ve M3-15 bitkilerinde inokulasyondan itibaren üretilen PR1 geni bakteriyel hastalık etmeninin kolonizasyonunu engellemektedir. Yapılan çalışmalar dayanıklılıktan sorumlu gen(ler)in altında bulunan PR1 geni ve bu genin ürettiği PR1 proteinlerinin iki mutant bitkide dayanıklılığı sağladığını göstermektedir. Dayanıklılığı sağlayan gen(ler)in haritalanması ve sinyal yolaklarının aydınlatılması çalışmaları hala devam etmektedir. Dayanıklılık gen(ler)i klonlanmasıyla bakteriyel kanser ve solgunluk hastalığının genetik kontrolü mümkün olacaktır. Eldeki veriler bakteriyel kanser ve solgunluk hastalık etmeninin mücadelesinde en uygun yöntemin genetik olarak dayanıklı domates bitkileri üretmek olduğunu göstermektedir. Genetik olarak dayanıklı domates çeşitleri üretmek uzun soluklu bir süreç olup bu çalışmada elde edilen ümitvar domates çeşitleri ters genetik yöntemiyle oluşturulmuştur.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Tekirdağ ilinde bazı kabakgil virüslerinin araştırılması ve karpuz mozaik virüsü (watermelon mosaic virus, wmv)'nün moleküler karakterizasyonu
    (Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi, 2020) Karabulut, Deniz; Köklü, Gassan
    Bu çalışmada, Tekirdağ ili genelindeki kabakgil üretim alanlarında Watermelon mosaic virus (WMV), Papaya ringspot virus-Watermelon (PRSV-W) ve Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV)'nin belirlenerek, virüs izolatlarının genotipik yakınlık düzeylerinin ortaya çıkarılması amaçlanmıştır. 2017 ve 2019 yıllarında yapılan arazi survey çalışmalarında viral enfeksiyon belirtileri gözlenen kabakgil bitkilerine ait yaprak örnekleri toplanarak DAS-ELISA ile ZYMV, PRSV-W ve WMV varlığı açısından test edilmesi sonucunda 180 adet bitki örneğinin %4,44 oranında WMV ile enfekteli olduğu belirlenmiştir. Toplanan bitki örneklerinden ELISA testleri sonucunda pozitif çıkan veya tipik virüs belirtisi gösteren 30 adet bitki örneği seçilerek WMV NIb-CP, PRSV-W ve ZYMV CP gen bölgesine spesifik oligonükleotitler ile Real-Time PCR ve RT-PCR kullanılarak test edilmiştir. Reverse Transcriptase PCR çalışmaları sonucunda 12 adet bitki örneğinde WMV'ye ait yaklaşık 408 bp boyutundaki bant oluşumu gözlenmiş, dizileme sonucunda 12 WMV izolatının NIb-CP genine ait 342 ve 348 nükleotidin filogenetik analiz çalışmaları yapılmıştır. Bu çalışma kapsamında elde edilen WMV izolatlarının Gen Bank'asına kayıtlı bazı WMV izolatları ile benzerlikleri açısından kıyaslamalar yapılmıştır. Bu çalışmada elde edilen 342 nükleotid uzunluğunda WMV NIb-CP geni kodlayan kısmın sekans analizleri sonucunda TR-Tn2 (MT448602), TR-Tn5 (MT448603), TR-Tn8 (MT448604), TR-Tn9 (MT448605), TR-Tn10 (MT448606), TR-Tn18 (MT448607), TR-Tu75 (MT448612) ve TR-Tu80 (MT448613) izolatları İtalya (EU660590), Fransa (NC_006262 ve JF273459), Türkiye (EU660579), Şili (EU660582), Pakistan (AB218280) izolatları ile %99.7-95 arasında benzerlik göstermiş ve Moleküler Grup 1'de yer almıştır. TR-Tf50 (MT448610), TR-Ta63 (MT448608), TR-Ta64 (MT448609) ve TR-Ts71 (MT448611) izolatlarının WMV NIb-CP kodlayan 348 nükleotid kısmının analizi sonucunda Güney Kore (AB369278), Çin (EF127832 ve DQ399708), Güney Kore (MN854651) ve Japonya (AB353119) izolatları ile %98,2-92.2 arasında değişen oranlarda benzerlik göstermişler ve WMV Moleküler Grup 3'te yer almışlardır.