Yazar "Demir, Ayhan" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 1 / 1
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Protein-ligand kenetlenmesi sonuçlarının delaunay teselasyonu ile iyileştirilmesi üzerine bir yöntem geliştirilmesi
    (Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi, 2023) Demir, Ayhan; Bağcı, Elife Zerrin
    İlaç tasarımı çalışmalarında, protein-ligand etkileşimlerini değerlendirmek ve moleküler kenetlenme işlemleri için doğru pozları belirlemek amacıyla skorlama fonksiyonları kullanılmaktadır. Bu skorlama fonksiyonlarının doğal konformasyonları farklı bağlanma pozlarından ayırt edebilme yetenekleri son derece önemlidir. PDBbind veri tabanında Skorlama Fonksiyonlarının Karşılaştırmalı Değerlendirilmesi (CASF) çalışmasında kullanılan veri seti, bu skorlama fonksiyonlarını test etmek için bir referans oluşturmaktadır. CASF çalışmasında Vina skorlama fonksiyonu en başarılı olarak bulunmuştur. Bu değerlendirme seti, 57 farklı proteine ait yaklaşık 100 bağlanma pozunu içermektedir. Bu pozlar, CASF ekibi tarafından moleküler mekanik yöntemler kullanılarak elde edilmiştir. Bu çalışmada, protein ve ligandın arayüzündeki tetrahedronlar Delaunay teselasyonu ile atomların koordinatları kullanılarak oluşturuldu, görünüm oranlarının ortalamaları hesaplandı. Yüksek görünüm oranı ortalaması, tetrahedronların daha az düzensiz olduğu anlamına gelir ki, bu da atomların üç boyutta homojen olarak dağıldığını gösterebilir. Analizin sonuçlarına ve önceki çalışmalara dayanarak, bir sıfır hipotezi oluşturuldu. Bu hipoteze göre, doğal konformasyonun protein-ligand arayüzünde bulunan tetrahedronlarının ortalama görünüm oranının Vina tarafından tanımlanan en düşük enerjili iki pozun görünüm oranlarından daha yüksek olma olasılığı 1/3'tür. Bu hipotezi test etmek için, 48 protein, Vina skorlama fonksiyonu kullanılarak elde edilmiş olan bağlanma enerji değerleri ile bu çalışmada hesaplanan görünüm oranı ortalamaları analiz edildi. Bu şekilde oluşturulan sıfır hipotezi reddedildi (p-değeri 0.007). Bu bulgu, protein-ligand komplekslerinin arayüzündeki atomların homojen bir şekilde dağılmaya eğilimli olduğunu göstermektedir.