Türkiye yerli keçi ırklarında mikrosatellit DNA polimorfizm tekniğinin kullanılması ile ebeveyn tayini

Abstract

Son yıllarda Dünya’daki gelişmeler doğrultusunda tarımsal kamu kaynaklarının önemli bir kısmının yerel ırklarımızın korunması ve ıslahı ile ilgili çalışmalara yönlendirilmiş olması yerel ırklarımıza ilişkin genetik ıslah çalışmalarının önem kazanmasına neden olmuştur. Mikrosatellitler yüksek polimorfizm göstermesi nedeniyle genetik çalışmalarda tercih sebebidir. Bu tez çalışması 9 farklı mikrosatellit bölgesinin yerli keçi ırkında (Ankara Keçisi, Honamlı Keçisi Kıl Keçisi, Kilis Keçisi) babalık testi için kullanılabilirliğini araştırmak amacıyla yapılmıştır. Yapılan analizler sonucu çalışılan tüm lokuslar arasında beklenen heterozigotluk değerinin 0,6240 ila 0,8966 arasında, gözlenen heterozigotluk değerinin 0,6432 ila 0,8553 arasında değiştiği, hiçbir lokusun heterozigotluk değerinin 0.50’den düşük olmadığı belirlenmiştir. Çalışmada polimorfizm (PIC) bilgi içeriği değerinin 0.570 ila 0.890 arasında değiştiği, bu değerlerin 0.500’nin üzerinde olması sebebiyle çalışılan tüm mikrosatellit bölgelerinin oldukça bilgi verici olduğu değerlendirilmiştir. Mevcut çalışmada ayrıca 9 mikrosatellit lokusundan 8’inde en sık gözlenen allel frekansının 0.161 ila 0.457 arasında olduğu, sadece bir tanesinde bu değerin 0.540 olduğu görülmüştür. İlave olarak her iki ebeveynin bilinmemesi halinde baba adayı tekelerden hesaplanan birleştirilmiş dışlama gücü değerinin 0.999, her iki ebeveynin bilinmemesi halinde, yavrulardan hesaplanan birleştirilmiş dışlama gücü değerinin 0.998, tek bir ebeveynin bilinmesi durumunda yavrulardan hesaplanan birleştirilmiş dışlama gücü değerinin ise 0.999 olduğu belirlenmiştir. Tüm lokusların güvenilirliğinin test edilmesi amacıyla her ırktan rastgele seçilen yavrularda 9 farklı mikrosatellit bölgesi sonuçlarına göre baba olma olasılık değerleri hesaplanmış ve %41.45 ila %78.87 arasında değerler elde edilmiştir. Bu sonuçlar çerçevesinde, her ne kadar yüksek dışlama gücü değerleri vermiş olsalar da doğru baba olma olasılığının hesaplanması için çalışılan 9 mikrosatellit bölgesinin yeterli olmadığı, daha fazla gen bölgesinin çalışılması ile baba olma olasılığı değerlerinin yükseltilmesi gerektiği ortaya çıkmaktadır.

In recent years, a significant portion of agricultural public resources in the direction of development in the world have been directed to work on the protection and improvement of our local breeds, which has led to the importance of genetic breeding studies on local breeds. Because of the high polymorphism of microsatellites, genetic studies are preferred. This thesis study was carried out to investigate the applicability of 9 different microsatellite regions for paternity testing in domestic goat breed (Ankara Goat, Honam Goat Goat, Kilis Goat). From the analyzes conducted, it was determined that the expected heterozygosity value of all locus studied ranged from 0.6240 to 0.8966, the observed heterozygosity value varied from 0.6432 to 0.8553, and that no locus heterozygosity value was lower than 0.50. In study, polymorphism (PIC) value of information content changed between 0.570 and 0.890, and these values were over 0.500, so that all microsatellite regions studied were highly informative. The present study also found that the most frequent allele frequency in 8 of 9 microsatellite loci is between 0.161 and 0.457, only 0.540 in one. In addition, it was determined that the combined exclusion power value calculated from the father's candidate monopolies is 0.999, if both parents are unknown, the combined exclusion power value calculated from the offspring is 0.998, and the combined exclusion power value calculated from the offspring when a single parent is known, is 0.999. In order to test the reliability of all loci, the probability of being a father according to the results of 9 different microsatellite regions was calculated in randomly selected offspring, and values ranging from 41.45% to 78.87% were obtained. Although the results of these results show that 9 microsatellite regions are not sufficient for the calculation of the probability of being a true father even though they have given high exclusion power values, it is revealed that the work of more gene regions and the probability of being a father should be increased.