Akrabalık Matrisinin Tersinin Henderson Metodu İle Hesaplanması ve Hesaplamada Python Programlama Dili Kullanımı

Abstract

Bu çalışmanın iki amacı olup, bunlardan birincisi Python programlama diliyle yazılmış ve hayvan ıslahında oldukça önemli bir parametre olan akrabalık matrisinin direk tersinin Henderson metoduyla (Akrabalık ilişkisini göz ardı eden) hesaplanmasının anlatımı ve ikincisi ise bu hesaplamada kullanılabilen Python programlama dili ile yazar tarafından yazılmış bir programın tanıtımıdır. Program Python 2.7.11 sürümü ile yazılmış olup Numpy, Pandas, Xlrd ve XlsWriter modülleri kullanılmıştır. Diğer programlardan farklı olarak ilk üç sütununa hayvan, baba ve anaya ait kulak numaraları yazılmış bir MS Excel dosyası programda direk girdi dosyası olarak kullanılabilmektedir. Programın çalışması tamamlandıktan sonra program tarafından akrabalık matrisinin tersinin kaydedildiği “txt” uzantılı ve NRM isimli bir dosya ve aynı zamanda soy kütüğü ile ilgili çeşitli bilgi ve istatistikleri içeren üç farklı “xlsx” uzantılı çıktı dosyaları oluşturulur. Program http://www.kemalyazgan.com.tr/indexturk.htm adresinden edinilebilir. Hayvan ıslahında kullanılan birçok program Fortran programlama dili ile yazılmıştır. Bu çalışma Python programlama dilinin Fortran’a iyi bir alternatif olabileceğini göstermesi açısından ve ülkemizde damızlık değer tahmini yapan yerli programların geliştirilmesi için öncülük edebilir.

There were two aims of this study. One of them was about with calculating inverse of relationship matrix, which is one of the most important parameter for animal breeding, by means of Henderson method (ignoring inbreed). That presenting a utilize software for this calculation which was written using Python programing language 2.7.11 version by author was the other aim. Numpy, Pandas, Xlrd and XlsWriter modules were used with Python. As different from other programs, an MS Excel file of which first there column were filled with animal, sire and dam tag number respectively, can be used input file directly. When program terminate, it create called NRM.txt file which is an output file included invers of relationship matrix. Apart from this, it creates three xlsx extension output files and they include some information and statistics for pedigree. Program available from http://www.kemalyazgan.com.tr/indexturk.htm. Many programs which interested in animal breeding were written via Fortran Programing language. As it shown with this study, Python can be a good alternative to Fortran. Also, it is pioneering for domestic software developing in Turkey which estimates breeding value.